有数种非典型抗精神病剂上市，它们兼具遮阻多巴胺受体及血清素（serotonin）受体的作用，它们和传统抗精神病剂比较，明显的减少神经系统的副作用，却有相同的治疗作用，因而逐渐取代传统抗精神病剂的地位。台湾目前较常使用的非典型抗精神病剂有risperidone、olanzapine和clozaril，这些药物最大的缺点是会使人发胖，尤其clozaril最为明显，此外，这些药物单价是传统抗精神病剂的数倍至数十倍，因此其使用受到健保局严格的管制。
    第二类试用于自闭症患者的药物是三环抗郁剂又兼具抗强迫症的clomipramine。由于自闭症的同一性（固执性）行为和强迫症的现象相似，而引发试验的动机。研究发现青少年和成人自闭症患者约一半的症状获得改善，尤其是减少攻击行为、躁动不安和同一性反复的行为。然而研究亦发现clomipremine较大剂量时有影响心脏传导的副作用，而且它对婴幼儿和儿童的疗效不如青少年和成人。
    近年来，数种副作用较小的新型抗郁剂也像clomipramine有选择性遮阻血清素受体的作用，因此也试验于自闭症，发现能有效降低攻击行为和减少同一性反复行为。有的研究也发现能减少自伤行为和促进学习，但也有研究报告常因引发过动、激动、攻击行为而停药。目前在台湾上市的fluvoxamine、fluoxetine、sertraline、paroxetine和citalopram都属于这一大类，它们在文献报告的多寡就是按照这个顺序排列的。
    第三类药物是鸦片拮抗剂，它是可以遮阻吗啡受体的药。这是因为自闭症患者退缩不理人的症状和鸦片成瘾者症状类似，以及自闭症患者对痛觉很不敏感，使人怀疑有不正常的脑啡作用，而试用的。刚开始的个案报告呈现正面效果，但后来个案较多的有对照组的研究则证实能减少过动和自我伤害的行为，而对不理人的行为并无疗效。
    这些年来有二种药曾引起病人家属和治疗人员很大的兴趣，但最后都证明没有效，这就是fenfluramine和secretin（肠促胰激素）。由于30~40%自闭症患者血清素偏高，导致前者在八十年代被寄以厚望，早期报告能改善自闭症儿童的行为并提高智商，大规模九个医学中心的联合研究也报告有效，但后来被批评研究法不当，而后来的双盲试验则证明对自闭症无效，fluramine更因可造成心脏瓣膜的疾病已于1997年下市。Secretin则是1998年之后的新宠。它是用来诊断婴幼儿某些肠胃疾病的试剂，1998年首先报告有自闭症幼儿接受该诊断试剂后，语言和社会互动都有明显的进步。由于媒体及网络传播，它迅速引起家属强烈的兴趣，燃起根治自闭症的希望，但希望随即幻灭，1999年的二篇研究报告已确定secretin对自闭症无明显疗效。
    自闭症患者的怪异行为很多，大体上都可将它归纳于「同一性」这个特征，包括抗拒环境的变化、固守衣食住行的常规、对某些事物的偏好、对某些感觉刺激特别偏好或敏感、或反复的动作等行为。少部份（尤其是高功能的）患者到青少年发展成强迫思考和强迫行为，而和强迫性精神官能症相似。有时极强的偏好和强迫思考，病人又不能清楚的描述这些经验，会使没有经验的医师将之误为妄想症状，而当作精神分裂症来治疗。一般而言，这些怪异行为次数太频繁或反应太强烈而干扰学习或日常生活时可以考虑以clomipramine或其它血清素拮抗剂fluvoxamine、fluoxetine等治疗，若无效或出现攻击性行为、自伤行为时、可考虑使用halopeidal或非典型抗精神病剂治疗。
    除了上述反复怪异动作外，三分之二的学龄前或学龄期患自闭症的儿童有活动量过大、不专心、冲动等过动儿的症状。一般而言，这些症状可以教学活动来降低其严重度；若十分严重而干扰教学时，对高功能患者可试治疗过动儿的「利他能」（Ritalin学名methyphenidate），若无效甚至恶化者，及中、低功能自闭症兼过动的患者可以试以imipramine、clonidine或haloperidol治疗。
    大家十分关心的“语言”症状，目前仍没有什么药物可以有效改善，有少数病人在癫痫发作后语言显著退化，而且在脑波检查时在语言中枢有癫痫波出现，这时若以抗癫痫剂（最常用的是癫通，学名carbamazepine）治疗，常能加倍语言训练的效果。若没有癫痫症状但脑电图有癫痫波的病人，一般不给抗癫痫剂治疗，但若语言训练进展十分有限，加上情绪和睡眠问题时，可试用抗癫痫剂，以语言进展和脑电图追踪检查来判断要用药多久，一般约一至二年。当然，任何病人若有癫痫发作，不论功能高或低，都要使用抗癫痫剂治疗。近年有人报告一种抗癫痫的新药lamotrigene可减少自闭症和亚斯柏格症的症状，但还缺乏双盲试验的实证的资料。

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