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智力发育不全可由患者出生前、出生过程中或童年时代大脑发育受到损害的任何情况导致。目前已发现了数百种成因，但仍有三分之一的患者病因不明。导致智障的三大病因为：唐氏综合症（先天愚型）、胎儿酒精症和易损X症。主要可归为以下几类：
生来就患有胎儿酒精症的儿童发病率已从1979年的万分之一升至1993年的万分之六点七。母亲在怀孕期间患有的营养不良、风疹、腺功能紊乱、糖尿病及其它病症都可能导致婴儿生来就智力发育不全。产前发生的大脑变形及爱滋病毒感染也可能导致智力发育不全。
分娩时产生的问题——虽然任何处于非常压力情况下的分娩都会损伤婴儿的大脑，但早产和婴儿体重不足预示着比其它情况更容易出现严重问题。
产后出现的问题——小儿疾病如百日咳、水痘和麻疹，以及诸如头部撞击或险些溺死等事故情况都会损伤大脑。汞和铅中毒更会导致无法修复的损伤。
贫穷——贫穷家庭的儿童可能会由于营养不良、容易得病的生存条件、不完善的医疗保健及危及健康的环境因素造成智力发育不全。另外，不发达地区的儿童还会被剥夺许多其他幼儿可以享受的普通文化生活及日常经验。研究结果表明这种“缺乏激发”也会导致不可挽回的脑损伤，并造成智力发育不全。
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